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L'origine del territorio di San Giovanni Gemini risale al 1451, anno in cui Federico Abatellis, conte di Cammarata, ottenne dal re Ferdinando il privilegio di edificare nei suoi feudi.

Circa le origini storiche di San Giovanni Gemini le ipotesi sono tre:

·       Si parla di Cammaratesi non graditi ai Conti, che banditi da Cammarata, si siano stabiliti a San Giovanni Gemini;

·       Un'altra ipotesi viene riportata da Padre La Pilusa e riguarda la frana avvenuta circa nel 1537, anno in cui a causa di un terremoto, franò la collina dove sorgeva il castello di Cammarata. Il castello fu riparato ma le abitazioni sul ciglio della rupe crollarono, è quindi possibile che le famiglie, che subirono le perdite peggiori, abbiano ottenuto dal Conte il permesso di costruire sul piano di San Giovanni che si estendeva dall'attuale chiesa di San Giuvannuzzo al viale Dionisio Alessi;

·       Un'ultima ipotesi sulle origini di San Giovanni Gemini, a parere di Monsignor De Gregorio, ha origine da un presunto popolamento delle campagne con un incremento spontaneo delle popolazioni che hanno dato origine ad un borgo, prima, e a San Giovanni di Cammarata, poi.

Nel 1587 Ercole Branciforte, conte di Cammarata, assegnò una piccola porzione di territorio al nuovo paese, e perciò da allora San Giovanni di Cammarata cominciò un'autonoma vita civile ed amministrativa, fino a che nel 1878 per volere di alcune nobili famiglie, il paese assunse l'attuale nome.